Jednota už od roku 1887 provozovala živnostenské muzeum, které se zaměřovalo spíše na prezentaci výrobků místních řemeslníků a továrníků. Výstava byla oslavou politického vítězství Národní strany (Staročeši) v místních komunálních volbách roku 1892, ve kterých byly poraženy dosud vládnoucí německé strany. Před 1. světovou válkou byl Prostějov největším moravským městem s českou radnicí. Právě důraz na nový či obnovený význam Prostějova jako kulturního a politického centra Hané, ne-li celé „české“ Moravy, v opozici k německým městům v Brně a Olomouci, byl silně přítomen na národopisné výstavě roku 1893, jejímž neoficiálním heslem bylo zvolání „Buďme svými!“. Výstavní předměty měly dokládat, „že město naše jako nyní tak vždy bylo českým“.
Několik měsíců po skončení Národopisné výstavy byl v říjnu 1893 založen nový spolek „Musejní a průmyslová jednota“ v Prostějově. Nový ústav dostal do vínku od Průmyslové jednoty sbírku a knihovnu živnostenského muzea. Postupně získávalo muzeum nákupem či darem jednotlivé předměty a kolekce od občanů z Prostějova a okolí. Nové muzeum našlo domov v severním křídle prostějovského zámku (v bývalé sýpce), který od roku 1893 vlastnil finanční ústav Úvěrní spolek a zastavárna v Prostějově napojený na místní české politické a hospodářské elity. K otevření muzea došlo 27. května 1894. Expozice byla přístupná pouze o nedělích a svátcích a jenom v letních měsících. S rostoucím počtem předmětů vyvstala na počátku 20. století před vedením muzejní jednoty otázka další existence muzea v zámeckých prostorech. Téměř současně s tím schválilo vedení města návrh Ondřeje Přikryla na zřízení městského muzea a archivu, které by převzalo sbírky dosavadního národopisného muzea. Ty se měly přestěhovat na bývalou renesanční radnici, na které do roku 1902 sídlil okresní soud. Na jaře 1905 došlo k předání muzea do správy města Prostějova a jeho přestěhování.
Na začátku disponovalo muzeum pouze třemi místnostmi ve druhém nadzemním patře. V letech 1907-1908 došlo dle návrhu Václava Součka k významnějším stavebním úpravám. Odstraněním starších příček vznikl vestibul, dva velké sály pro archeologické a národopisné sbírky a tři menší, ve kterých byla instalována hanácká jizba, cechovní památky a expozice útrpného práva. V dalších místnostech se nacházela pracovna s knihovnou a čítárnou a městský archiv. V rámci úprav bylo vybudováno zcela nové třetí patro s reprezentativním schodištěm. V šesti výstavních sálech osvětlených světlíky mohli návštěvníci zhlédnout zbraně a mince, městské, technické a průmyslové památky, obrazy a sochy. Jedna místnost byla vyčleněna na krátkodobé umělecké výstavy. V roce 1909 byl muzeu městem propůjčen dům na Kostelní ulici. Zrekonstruovaná budova muzea byla slavnostně otevřena 25. října 1908 výstavou soudobých českých malířů (V. Brožík, A. Mucha, K. Myslbek), která byla zapůjčena z proslulé pražské galerie Topičův salon. Muzejní fond byl obohacen o nové kolekce. Mezi ty nejvýznamnější patřila velká národopisná sbírka z pozůstalosti Františky Xavery Běhálkové z Tovačova a rozsáhlá archeologická sbírka Antonína Gottwalda, pro které byly vyčleněny vlastní sály. během druhé světové války přibyla také sbírka hodin Bruna Wintera a muzeum v budově bývalé radnice sídlí dodnes. V současnosti patří k hlavní budově sídlící v bývalé radnici také Galerie Špalíček na ulici Uprkova, Červený domek Petra Bezruče v Kostelci na Hané a prostějovská hvězdárna.
Historie muzea pokračovala i v období socialismu, v roce 1990 odstoupila ředitelka Yvona Soldánová, kterou na krátko nahradil Pavel Marek a následně Václav Hruška, který působil v muzeu delší dobu a zanechal výraznější stopu. Po jeho odchodu z funkce nastalo pro muzeum obtížné období, kdy se měnilo vedení. Tyto personální změny provázené absencí koncepce muzea vyústily ve značnou profesní nestabilitu. V polovině roku 2021 nastoupila do funkce nová ředitelka Veronika Hrbáčková. Od jejího nástupu se uskutečnila řada změn v uložení sbírek, konceptu plánovaní výstav, expozicích a jejich týkající se prezentace.
Cílem výstavy Muzeum o muzeu je připomenutí 130. výročí od uskutečnění Národopisné výstavy, která dala základ muzejnictví v Prostějově. Na panelech a fotografiích mapuje historii muzea od jeho prvopočátku do současnosti. Návštěvníci mohou zhlédnout mimo jiné unikátní snímky z prostějovské národopisné výstavy, původní expozice na prostějovském zámku, staré plány muzea a sbírkové předměty reprezentující pestrost sbírkových fondů. Nepochybně pomyslnou „perlou“ jubilejní výstavy je krátký filmový šot z roku 1956, na kterém jsou zachyceny tehdejší muzejní interiéry.
Výstava, která započala 16. února vernisáží potrvá do 7. 5. 2023.
